Văn phòng Chính phủ đã có công văn gửi Bộ GD&ĐT truyền đạt ý kiến chỉ đạo của Phó thủ tướng Chính phủ Vũ Đức Đam với nội dung liên quan tới báo cáo về tình hình hoạt động của Trường Đại học Tôn Đức Thắng.
Theo công văn này, ngày 8/1 Bộ GD&ĐT đã gửi Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam báo cáo số 04/BGDĐT-TCCB về tình hình hoạt động của Trường Đại học Tôn Đức Thắng.
Sau khi xem xét báo cáo, Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam ghi nhận việc Bộ GD&ĐT đã lập tổ công tác làm việc với Trường Đại học Tôn Đức Thắng; làm rõ quá trình xử lý hiệu trưởng Trường đại học Tôn Đức Thắng, đối chiếu với các quy định của pháp luật; có hướng dẫn việc kiện toàn bộ máy lãnh đạo của trường.
Phó Thủ tướng yêu cầu Bộ GD&ĐT công khai, minh bạch nội dung báo cáo, trả lời, tiếp thu các ý kiến liên quan. Đồng thời, Bộ GD&ĐT cần chủ động phối hợp với Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam; tiếp tục đôn đốc, hướng dẫn, tạo điều kiện để Trường Đại học Tôn Đức Thắng sớm kiện toàn bộ máy lãnh đạo theo quy định và tiếp tục phát triển.
Theo Cổng thông tin điện tử Chính phủ, báo cáo 04/BGDĐT-TCCB mà Bộ GD&ĐT gửi Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam ngày 8/1 là báo cáo được đóng dấu "Mật". Trong báo cáo, Bộ GD&ĐT cho biết, Bộ này đã thành lập đoàn công tác trong đó có đại diện của Bộ Tư pháp để rà soát, làm rõ một số vấn đề của Trường Đại học Tôn Đức Thắng.
Cổng thông tin điện tử Chính phủ cũng cho biết, sau khi đoàn công tác của Bộ GD&ĐT làm việc với Trường Đại học Tôn Đức Thắng cùng các bên liên quan và dự thảo báo cáo kết quả, Bộ GD&ĐT đã làm việc với Bộ Tư pháp, Bộ Nội vụ để thống nhất nội dung liên quan tới căn cứ pháp lý, thẩm quyền tạm đình chỉ công tác, cách chức đối với ông Lê Vinh Danh.
Từ tháng 7/2019 tới thời điểm Bộ GD&ĐT gửi báo cáo cho Phó Thủ tướng, Trường Đại học Tôn Đức Thắng chưa có hội đồng trường theo quy định. Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam đã căn cứ Điều 71 Luật Giáo dục đại học; pháp luật về viên chức (ông Lê Vinh Danh là viên chức nhà nước) và pháp luật về phòng, chống tham nhũng để xử lý (tạm đình chỉ, cách chức) ông Lê Vinh Danh.
Ủy ban Kiểm tra Thành uỷ TPHCM đã kết luận Bí thư Đảng ủy Lê Vinh Danh có vi phạm về quản lý kinh tế. Căn cứ kết luận này, Đảng ủy khối Đại học, cao đẳng TPHCM đã quyết định cách chức tất cả các chức vụ trong Đảng của ông Lê Vinh Danh và yêu cầu cơ quan quản lý cán bộ xử lý kỷ luật về mặt chính quyền đối với ông Lê Vinh Danh.