Cụ thể, quỹ đất khai thác còn lại được chia 3 nhóm tương ứng với tiến độ thực hiện đấu giá quyền sử dụng đất và đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư. Nhóm 1 gồm 16 lô đất (khoảng hơn 158.700m2) đã hoàn tất công tác giải phóng mặt bằng và đang đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật, có thể đấu giá quyền sử dụng đất trong quý 4/2019. Nguồn thu dự kiến là gần 4.789 tỷ đồng. Trong đó có 6 lô đất thuộc khu chức năng số 1, 9 lô đất khu chức năng số 2 và 1 lô đất khu chức năng số 7.
Nhóm 2 cũng gồm 16 lô đất (khoảng hơn 269.100m2) với nguồn thu dự kiến hơn 8.125 tỷ đồng. Các lô đất này sẽ đấu giá quyền sử dụng đất và đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư sau khi xây dựng hạ tầng kỹ thuật. Các lô đất này dự kiến đấu giá trong năm 2020. Nhóm 3 gồm 23 lô đất (khoảng hơn 365.200m2) chưa hoàn thành giải phóng mặt bằng. Nguồn thu dự kiến hơn 9.000 tỷ đồng.
Trong số này có 6 lô đất thuộc khu chức năng 2a (khoảng hơn 75.000m2) đang vướng công tác bồi thường giải phóng mặt bằng (Nhà thờ Thủ Thiêm và Dòng mến Thánh giá) nên chưa thu hồi được đất. Sau khi có chủ trương về việc sắp xếp 2 cơ sở tôn giáo tại các lô đất này mới tiến hành kêu gọi đầu tư. Theo phương án trước đây, dự kiến nguồn thu từ 6 lô đất này là hơn 2.438 tỷ đồng.
Theo BQL đầu tư - xây dựng KĐTM Thủ Thiêm, tính đến cuối tháng 9/2018, tổng nguồn thu khai thác quỹ nhà, nền đất ở khu đô thị đã nộp vào ngân sách thành phố hơn 14.250 tỷ đồng. Sau đó, UBND thành phố đã cấp lại cho Ban gần 6.500 tỷ, số tiền còn lại đang nằm trong ngân sách.
Với tiến độ đấu giá đất theo kế hoạch thành phố đã đề ra, dự kiến trong năm nay sẽ thu về hơn 14.725 tỷ đồng. Trong đó gần 4.790 tỷ từ đấu giá 16 lô đất đã hoàn tất giải phóng mặt bằng và hơn 9.930 tỷ đồng từ việc đấu giá 3.790 căn hộ.
Trước đó, UBND TPHCM khẳng định thực hiện dự án Khu đô thị mới Thủ Thiêm không nhằm kinh doanh bất động sản. Phần lớn diện tích được ưu tiên xây dựng các công trình công cộng, dịch vụ mà trung tâm thành phố hiện hữu còn thiếu như: Quảng trường trung tâm, công viên bờ sông; Trung tâm Tài chính; Trung tâm Hội nghị triển lãm quốc tế; Cung Thiếu nhi, Lâm viên sinh thái...
