Cụ thể, Tiểu ban lưu vực sông Cửu Long và Tiểu ban lưu vực sông Sê San-Srêpốk sẽ thực hiện nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Chủ tịch Ủy ban sông Mekong Việt Nam phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành, liên quốc gia liên quan đến lưu vực sông; thúc đẩy hợp tác sử dụng quản lý tài nguyên nước và bảo vệ môi trường giữa Việt Nam và Campuchia.
Các Tiểu ban đề xuất chiến lược quản lý tổng hợp tài nguyên nước cho toàn bộ châu thổ Mekong và các lưu vực sông Sê San-Srêpốk tiến tới cơ chế hợp tác quản lý lưu vực chung với Campuchia trong khuôn khổ hợp tác Ủy hội sông Mekong quốc tế và hợp tác song phương Việt Nam-Campuchia.
Ngoài ra, các Tiểu ban cũng thực hiện nhiệm vụ giúp Chủ tịch Ủy ban sông Mekong Việt Nam đảm bảo phối hợp chặt chẽ với các bộ, ngành, địa phương và các tổ chức, đối tác quốc tế, vùng, trong nước và các cá nhân có liên quan trong theo dõi, kiểm tra, giám sát việc thực hiện các hoạt động liên ngành trên lưu vực của Việt Nam.
