Theo dự thảo, Bộ Tài chính đề xuất hai phương án: 1. Quy định thu phí dịch vụ sử dụng đường cao tốc thông qua trạm thu phí trên đường cao tốc do Nhà nước đầu tư theo quy định về giá; 2. Đề xuất thu phí sử dụng đường cao tốc thu qua trạm thu phí trên đường cao tốc do Nhà nước đầu tư theo quy định về phí và lệ phí. Bộ Tài chính cho rằng, theo tính toán của Bộ Giao thông vận tải, chi phí vận hành và thời gian phương tiện lưu thông trên 5 tuyến đường cao tốc so với lưu thông trên quốc lộ được lợi bình quân 2.518đ/km/xe tiêu chuẩn. Nếu phải nộp phí 1.000đ/km/xe tiêu chuẩn thì chủ phương tiện vẫn hưởng lợi 1.500đ/km. Do vậy, Bộ Tài chính đề xuất chọn phương án đầu tiên với mức thu phí dự kiến là 1.000đ/km/xe tiêu chuẩn.