Số kinh phí trên được sử dụng để thực hiện nhiệm vụ Nhà nước giao như tiếp nhận công dân cách ly y tế tập trung; kiểm soát, ngăn chặn người nhập cảnh trên toàn tuyến biên giới; xét nghiệm, phòng, chống dịch tại các địa phương…; chi trả chế độ đặc thù phòng, chống dịch theo quy định.
Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính, Bộ Quốc phòng chịu trách nhiệm về tính chính xác của nội dung và số liệu báo cáo.
Việc quản lý, sử dụng, thanh quyết toán số kinh phí được bổ sung bảo đảm đúng quy định của pháp luật có liên quan, đúng mục đích, đúng đối tượng, công khai, minh bạch, tiết kiệm, hiệu quả.